Фасад, обращенный на восток, имеет многие черты, характерные для португальской архитектуры второй половины XVIII века. Традиционная для францисканских церквей трехдверная тематика трансформировалась здесь в интересную вертикальную последовательность в виде трех дверей, балконов и окон на втором этаже, что придает церкви более строгий вид. За церковью возвышается колокольная башня, что также характерно для португальской архитектуры.
В церкви расположено три алтаря. Центральный посвящен Богоматери Чудотворной – ее статуя установлена по центру, над богато декорированным алтарем. С правой стороны можно увидеть статую Иоанна Крестителя, слева – алтарь Святого Джерома. Потолок храма украшают замысловатые, искусно выполненные резные панели из дерева – их называют едва ли не самыми красивыми во всем Гоа.