Первую небольшую католическую церковь на этом месте возвели 8 монахов-францисканцев, которые приплыли в Гоа в 1517 году. Строительство продолжалось 4 года и в 1520 году церковь была освещена. Через некоторое время ее снесли и в 1661 году на ее месте выросла новая постройка, которая стала резиденцией Архиепископа. На протяжении долгого времени при церкви функционировали монастырь и образовательный центр, закрытые португальскими властями в начале XIX века.
Постройка, дошедшая до наших дней, удачно сочетает в себе как традиционные индуистские, так и европейские элементы. И экстерьер, и внутреннее убранство церкви очень богаты, особенно впечатляют покрытые позолотой деревянные резные панели, искусно написанные картины и красивейший главный алтарь, выполненный в барочном стиле с коринфскими элементами. Традиционные картины из жизни святых и фрески перемежаются затейливыми цветочными орнаментами. Впечатляют и размещенные в алтарной части большие статуи Иисуса Христа, Девы Марии и Святого Франциска Азисского. Среди верующих эта церковь знаменита тем, что именно здесь хранятся мощи Святого Франциска Ксавьера.
Само помещение церкви отличается запутанной, сложной архитектурой с многочисленными коридорами, переходами и галереями. В здании бывшего монастыря, примыкающем к церкви сегодня располагается Археологический музей.
