Этот музей был образован в 1964 году. В его распоряжение было отдано здание бывшего монастыря при церкви Святого Франциска Азисского. В 1981 – 82 годах здесь была проведена полная реконструкция и сегодня в музее можно увидеть немало действительно уникальных экспонатов. Все они распределены по восьми большим галереям, разделенным согласно историческим эпохам.
Здесь выставлены уникальные культовые предметы, древние карты, оружие эпохи палеолита, мемориальные камни с надписями на маратхи и на арабском, фигурки индуистских божеств, деревянные статуи, бронзовые скульптуры, старинные монеты и многое другое. Самыми ценными экспонатами археологического музея в Гоа можно назвать коллекцию картин с изображениями Васко да Гама, а также древних правителей штата, богатую нумизматическую коллекцию, большую бронзовую статую правителя Альфонса де Альбукерка (самый крупный экспонат) и некоторые другие.
Для маленьких посетителей музея открыт интересный интерактивный центр. Дети до 15 лет могут посещать музей бесплатно.